Soutenance de thèse - Dimple Adiwal - Amphithéâtre C - Bâtiment 2 - Campus Santé Villejean - Université De Rennes

Sous la direction de Catherine André, Benoît Hédan et Thomas Derrien

Le chien partage notre environnement et développe nombre des mêmes maladies liées à l’âge. Son espérance de vie varie en outre fortement selon les races, ce qui en fait un modèle de choix pour étudier la génétique du vieillissement. Cette thèse a exploré les bases génétiques de la longévité canine par deux approches complémentaires, toutes deux fondées sur des chiens de la biobanque Cani-DNA.
Dans une première partie, une étude d’association pangénomique de l’âge au décès a été menée chez 540 chiens de 27 races, à partir de séquençage du génome entier à faible couverture et d’imputation des génotypes, avec un modèle linéaire mixte. Des loci associés à l’âge au décès ont été identifiés, et trois des quatre loci testables ont été répliqués dans une cohorte indépendante de Golden Retrievers. Le séquençage à faible couverture ne permettant pas de détecter la plupart des variants de structure, la seconde partie a utilisé des assemblages de génomes en lectures longues pour cataloguer les insertions polymorphes de SINE et de LINE-1. Chez 46 chiens, 133 317 polymorphismes de ce type ont été identifiés, et une insertion récente de LINE-1 a été trouvée en fort déséquilibre de liaison avec l’un des loci associés.
Ces résultats identifient des régions candidates pour la longévité canine et montrent qu’une part importante de la variation génétique du chien, invisible aux approches par lectures courtes, peut désormais être étudiée.

Composition du jury

• Laurent Tiret, PU, DVM, HDR, IMRB, Créteil, France | Rapporteur
• Jean-Jacques Schott, DR, HDR, Institut du Thorax, Nantes, France | Rapporteur
• Claire Dandine-Roulland, IR, CNRGH, Évry, France | Examinatrice
• Jean-François Deleuze, DR, CNRGH/CEPH, Évry, France | Examinateur
• Catherine André, DR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Directrice de thèse
• Benoît Hédan, IR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Co-encadrant
• Thomas Derrien, CR, IGDR, UMR 6290, Rennes, France | Co-encadrant