Impact de la qualité de la Mat.Org. et des antibios sur la diversité bactérienne benthique et les fonctions microbiennes des cycles biogéochimiques - OSERen, Salle De Conférences, RDC Bât.14B, Campus De Beaulieu De L'Université De Rennes

Les zones intertidales reçoivent des nutriments, tels que le nitrate, susceptibles de provoquer des problèmes d’eutrophisation. Dans ces zones, les variables environnementales influencent les processus de réduction du nitrate, comme la dénitrification, essentiels pour l'élimination du nitrate. Cependant, l'impact de ces variables environnementales sur les communautés bactériennes des sédiments intertidaux, qui jouent un rôle clé dans la régulation de ces processus, demeure encore mal compris. Cette thèse explore l'impact de variables environnementales sur la diversité bactérienne et la réduction du nitrate dans les sédiments de l'estuaire de la Seine. Pour cela, des sédiments ont été incubés en réacteurs à flux continu avec différentes sources de carbone (acétate, microphytobenthos autochtone, plantes allochtones) de qualité variable, ainsi qu’avec des antibiotiques (tétracycline et ciprofloxacine) dans des conditions favorables à la réduction du nitrate. La diversité bactérienne a été analysée par séquençage du gène de l’ARNr 16S, et les taux de réduction du nitrate ont été mesurés. Les résultats montrent que la qualité du carbone module la sélection de taxons réducteurs de nitrate et augmente les taux de réduction, tandis que les antibiotiques inhibent ces taux sans affecter la structure de la communauté bactérienne. Ce travail met en évidence le rôle central des communautés bactériennes dans le maintien des processus de réduction du nitrate face aux variations environnementales au niveau des sédiments intertidaux.
Mots clés : Diversité bactérienne, Structure de la communauté, Réduction du nitrate, Sédiments intertidaux, Carbone organique, Antibiotiques

Le jury sera composé de :
· Julie Leloup - MC (HDR), IEES, Sorbonne Université, Paris (France) – Rapportrice,
· Thierry Berthe - MC (HDR), Université de Rouen, Rouen (France) – Rapporteur,
· Agnès Richaume-Jolion - PR, UCBL, Université de Lyon I, Lyon (France) – Examinatrice,
· Philippe Vandenkoornhuyse - PR, ECOBIO, Université de Rennes, Rennes (France) – Examinateur,
· Anniet Laverman - DR, ECOBIO, Université de Rennes, Rennes (France) – Directrice de thèse,
· Alexis Dufresne - CR, ECOBIO, Université de Rennes, Rennes (France) – Co-encadrant de thèse,
· Achim Quaiser - MC, ECOBIO, Université de Rennes, Rennes (France) – Co-encadrant de thèse, membre invité.