Les microbes remodèlent activement les flux et les réactions souterrains d'une manière que nous commençons seulement à comprendre. Grâce à leur motilité, leur croissance et la formation de biofilms, les communautés microbiennes peuvent obstruer localement les pores, rediriger les voies d'écoulement et modifier la perméabilité, redistribuant ainsi de manière dynamique la façon dont les fluides et les solutés se déplacent sous terre. Au-delà de ces effets physiques, les microbes interviennent dans diverses transformations biogéochimiques, notamment la dégradation des polluants, la précipitation des minéraux et le cycle des nutriments. Cette présentation explore l'influence à plusieurs échelles de l'activité microbienne et des biofilms sur l'écoulement et le transport réactif, en se concentrant sur trois exemples : (1) le contrôle microbien à l'échelle du terrain de l'oxygénation indésirable dans la zone vadose pendant la recharge contrôlée des aquifères (2) la déformation à l'échelle du continuum, renforcée par le biofilm, des interfaces de mélange des solutés et son effet sur la masse totale des produits de réaction formés, et (3) la dynamique microbienne à l'échelle des pores qui entraîne des points chauds anoxiques transitoires soupçonnés d'émettre des gaz à effet de serre dans les systèmes fluviaux. Ensemble, ces observations révèlent comment les « milieux poreux vivants » remodèlent la structure physique et chimique du sous-sol.
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