Habilitation à diriger des recherches: Sarah Djebali - Salle Druet

Salle Druet 14h30 4 octobre

TEAMS : LIEN

Message de Sarah DJEBALI : (HDR) pot oriental le 4 octobre après midi

Bonjour,
Je tenais simplement à vous informer de mon intention d'organiser un pot oriental pour célébrer mon HDR. Je comprends que ce soit un mercredi et que la soutenance pourrait se prolonger tard dans la journée (elle commence à 14h30 avec la présence de 7 membres du jury), mais si vous êtes disponibles, je serais ravi de vous accueillir pour partager ce moment convivial. Votre présence serait grandement appréciée ! Bien à vous,
Sarah DJEBALI

Membres du jury

- Marie-France Sagot, Directrice de recherche, INRIA, Lyon, Rapportrice
- Alessandra Carbonne, Professeure, Université de la Sorbonne, Paris, Rapportrice
- Patricia Thébault, Professeure, Université de Bordeaux, Bordeaux, Rapportrice
- Véra Pancaldi, Chargée de recherche, INSERM, Toulouse, Examinatrice
- Benoît Ballester, Chargé de recherche, INSERM, Marseille, Examinateur
- Dennis Thieffry, Professeur, École Normale Supérieure, Paris, Examinateur
- Christine Gaspin, Directrice de recherche, INRAE, Toulouse, Marraine

Résumé

Mon domaine de recherche est la compréhension du fonctionnement du génome à partir de données fonctionnelles haut-débit hétérogènes, dans le but de mieux comprendre les maladies communes. C’est dans une activité de recherche impliquant une interaction forte entre chercheurs en biologie expérimentale, informatique et statistique que je me suis investie ces
vingt dernières années, me permettant de co-construire des questions de recherche originales qui tirent profit des avancées récentes de ces différentes disciplines.
En outre mes activités de recherche sont de deux types : (1) Développer de nouvelles méthodes pour identifier un type d’élément ou de relation fonctionnelle dans les génomes, ainsi que leur activité dans diférents types cellulaires et (2) Analyser des données fonctionnelles volumineuses et hétérogènes, parfois sur plusieurs espèces différentes, pour en tirer de plus amples connaissances en biologie.
Dans le premier cas, j’ai par exemple développé au cours de ma thèse la méthode Exogean afin d’identifier les structures de transcrits dans les génomes à partir des connaissances des experts humains et en utilisant les multigraphes colorés, méthode qui a été classée première lors du concours EGASP’05. J’ai également supervisé le développement de la méthode ChimPipe par Bernardo Rodríguez Martín au cours de son Master au CRG puis de sa thèse, méthode qui identifie les transcripts chimériques dans les génomes, y compris dans le cas des cancers, et qui a obtenu de bons résultats dans une évaluation par les pairs après sa publication.
Dans le deuxième cas, j’ai par exemple coordonné lors de mon permier post-doctorat, les analyses des données transcriptomiques du consortium ENCODE, qui était le premier à générer des données transcriptomiques haut-débit aussi amples (plusieurs techniques, plusieurs types cellulaires, plusieurs types d’ARNs et plusieurs compartiments cellulaires). Cela nous a permis de caractériser en profondeur le transcriptome humain et la dynamique de transcription. La coordination des analyses des données transcriptomiques de souris du consortium mouseENCODE dans laquelle j’ai également co-dirigé la thèse d’Alessandra Breschi lors de mon post-doctorat au CRG, nous a également permis d’identifier les tissus pour lesquels la souris était un bon modèle pour l’homme.
Après avoir acquis une grande expertise sur les données transcriptomiques, je me suis tournée vers le domaine de la régulation de l’expression des gènes, et en particulier l’identification de relations régulatrices de type enhancer/gène. Avec l’étudiant de Master en apprentissage Tristan Hoellinger que j’encadrais au sein mon poste actuel de CRCN à l’IRSD, nous avons récemment montré que ce domaine nécessitait de meilleures données de référence plutôt que de nouvelles méthodes d’identification automatique.
Aujourd’hui je me tourne donc tout naturellement vers le domaine de recherche pour lequel les données fonctionnelles haut-débit de tous ces consortia auquels j’ai participé ont été générées : mieux comprendre, pour in fine mieux traiter, les maladies communes. Pour ce faire, je compte combiner les relations régulatrices de tous types et les données génotype/phénotype afin de mieux identifier les variants et gènes importants de ces maladies, en commençant par les maladies cardiométaboliques.
Au cours de ma carrière j’ai donc co-dirigé deux thèses de doctorat et encadré ou co-encadré deux post-doctorants, trois ingénieurs et dix étudiants de Master.