Séminaire externe – Charlotte Proudhon, IRSET - Salle De Conférence - RDC Bâtiment 4 - IGDR - Campus Santé Villejean - Université De Rennes

Détection non invasive de cancers multiples grâce à l'hypométhylation de l'ADN des rétrotransposons LINE-1

La détection de l'ADN tumoral circulant (ADNc), qui permet d'établir de manière non invasive le profil moléculaire des tumeurs et d'assurer le suivi de la maladie, promet une prise en charge optimale et individualisée des patients atteints d'un cancer. Cependant, la détection de petites fragments d'ADN tumoral libérés lorsque la charge tumorale est réduite reste un défi.
Nous avons mis en œuvre une nouvelle stratégie particulièrement sensible pour détecter les schémas de méthylation à la résolution de la paire de bases à partir de l'ADN plasmatique et évalué le potentiel de l'hypométhylation des rétrotransposons de l'élément nucléaire intercalé long-1 (LINE-1) en tant que biomarqueur non invasif pour la détection des cancers multiples. La méthode DIAMOND (Detection of Long Interspersed Nuclear Element Altered Methylation ON plasma DNA) cible 30 à 40 000 jeunes rétrotransposons LINE-1 disséminés dans le génome, couvrant environ 100 000 sites CpG, et repose sur un pipeline d'analyse sans référence. Les classificateurs basés sur l'apprentissage automatique ont montré d'excellents taux de classification corrects, discriminant les plasmas sains et tumoraux de six types de cancers (cancers colorectal, du sein, du poumon, de l'ovaire et gastrique et mélanome uvéal, y compris les stades localisés) dans deux cohortes indépendantes (AUC= 88%-100%, N = 747). La méthode DIAMOND peut également être utilisée pour effectuer une analyse des altérations du nombre de copies qui améliore la détection du cancer.
Ces résultats devraient permettre de développer des tests diagnostiques non invasifs plus performants et adaptés à tous les patients atteints de cancer, en se basant sur l'universalité de ces facteurs.
Charlotte Proudhon est généticienne et dirige une équipe à l'Inserm.

Contact : Grégoire Michaux