Soutenance de thèse - Louis Le Nezet - Amphithéâtre D - Bâtiment 2 - Campus Santé Villejean - Université De Rennes

Sous la direction de Catherine André et Pascale Quignon

Au cours des dernières décennies, le chien (Canis lupus familiaris) est devenu un modèle de choix pour l'étude des maladies génétiques complexes, grâce à sa diversité phénotypique, fruit d'une domestication ancienne et d'une sélection artificielle intense conduisant à la formation de plus de 400 races modernes, véritables isolats génétiques.
Cette thèse porte sur la dysplasie coxo-fémorale (DCF), une affection multifactorielle débilitante du développement articulaire et homologue à la dysplasie développementale de la hanche (DDH) chez l'humain. Plus de 700 chiens ont été séquencés à faible couverture puis imputés afin d'identifier, par analyse d'association pangénomique (GWAS), des loci associés à la DCF.
Deux outils bio-informatiques ont été développés : la librairie R Pedixplorer pour le traitement des pedigrees complexes et le pipeline nf-core/phaseimpute consacré à l'imputation de génotypes.
La combinaison de GWAS intra- et inter-races avec des annotations fonctionnelles et une comparaison à la littérature sur la DDH humaine nous a permis de mettre en évidence une vingtaine de loci candidats.
Ce travail, mené en partenariat avec l'ACGAO et la Fondation VISIO, ouvre la voie au à un futur test génétique de risque dont le développement se poursuivra dans une thèse ultérieure.

Composition du jury
Rapporteurs : Hervé Perdry, Université Paris-Saclay & Inserm (CESP U1018) et Laurent Tiret, Institut Mondor de Recherche Biomédicale, Université Paris-Est Créteil
Examinateurs : Emmanuelle Génin, laboratoire Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Université de Bretagne occidentale et Sarah Djebali, Institut de Recherche en Santé Digestive, Toulouse
Directrice et co-directrice de thèse : Catherine André et Pascale Quignon, Institut de Génétique et Développement de Rennes
Invité : Jean-Pierre Genevois, Professeur Honoraire chez Campus Vétérinaire de Lyon Vétagro-Sup